En pleine nuit, une employée du FBI est enlevée à son domicile... Les agents Whitney et Drummy sont chargés de l'affaire avec l'aide d'un ancien prêtre pédophile qui a des visions déroutantes. Les deux agents découvrent rapidement que le temps ne joue pas en leur faveur, car les indices restent insaisissables. Cherchant désespérément des réponses, ils se tournent vers Mulder et Scully - expérimentés dans des affaires délicates similaires - mais des années se sont écoulées depuis la fermeture de Cold Case Unit ; Scully est retournée à la pratique de la médecine tandis que Mulder a été discrédité par le FBI et s'est volatilisé sans laisser de traces.. Avec peu de pistes et personne d'autre vers qui se tourner, les agents se retrouvent à suivre une piste d'indices de plus en plus désespérée dans leur recherche de la femme disparue. Des ruelles sombres aux salles de pouvoir, ils doivent courir contre le temps et une conspiration qui va bien au-delà de ce qu'ils auraient pu imaginer. En fin de compte, il faudra plus que de la chance et de la persévérance pour retrouver la femme disparue et de la ramener saine et sauve à la maison.